Children is een verhaal over de generatiekloof, over loslaten. Het is het eeuwenoude verhaal over ouders die het beste willen voor hun kinderen en daarbij over het hoofd zien dat kinderen net als zijzelf ooit hun eigen fouten willen en moeten maken. In de setting van de bijbelverhalen van Adam en Eva, Kaïn en Abel en de Ark van Noach is dit een symbolisch verhaal, van toepassing op alle tijden en culturen overal ter wereld.

Het verhaal begint bij Het Begin, oftewel Het Licht. God creëerde het licht, de hemel, de aarde, bomen, dieren, het weer en uiteindelijk de mens. Dit wordt weergegeven in het nummer Let There Be.
Eva is echter van het begin af aan nieuwsgierig en wil overal het "waarom" van weten. In het streven naar kennis overtreedt zij het belangrijkste verbod van Vader: zij eet een appel van de Boom der Kennis. Nu zij haar onschuld kwijt is, kan zij niet langer in Eden blijven. Adam wordt door Vader voor de onmogelijke keuze gesteld: mee met Eva en Vader nooit meer zien of in Eden blijven en Eva kwijtraken. Adam kan zich een leven zonder Eva niet voorstellen en kiest voor Eva.
Vader is diep teleurgesteld en verdrijft zijn kinderen uit Eden. Hij wil ze nooit meer zien. Adam en Eva komen in de woestenij terecht en worden daar aangevallen en opgejaagd. Zij bouwen uiteindelijk een eigen huis en krijgen zelf kinderen: Kaïn en Abel.
Van het begin af aan is duidelijk dat Kaïn dezelfde nieuwsgierigheid heeft als zijn moeder. Als hij 17 jaar is loopt hij weg en vindt een kring van reusachtige stenen. Adam blijkt dit te kennen en de mensen die er hun rituelen houden. Diep teleurgesteld wil Kaïn voorgoed vertrekken, Adam wil hem tegenhouden en in het gevecht dat volgt, wordt Abel dodelijk slachtoffer. Kaïn en zijn nageslacht worden voorgoed vervloekt. Adam en Eva krijgen nog een zoon: Seth. Deze is net als zijn vader en is de hoop van de mensheid. Adam echter is een gebroken man.

In de tweede akte zien we een nakomeling van Seth: Noach. Vader is van mening dat het ras van Kaïn schuld is aan alle ellende in de wereld en heeft besloten dat alleen Noach en zijn familie, als enig zuiver ras over mag blijven.
Noach heeft een ark gebouwd en op één na zijn al zijn zoons getrouwd. Alleen Jafeth, de jongste, geeft problemen. Hij wil zich niet voegen naar zijn vader's wensen. Hij heeft al een meisje uitgekozen: Yonah. Er is echter een groot obstakel voor hun liefde: Yonah is een nakomeling van Kaïn.
Jafeth verstopt haar aan boord van de ark, tegen het verbod van Noach in. Wanneer de zondvloed begint, gaat iedereen aan boord en is het wachten op het zakken van het water. Tot grote frustratie van iedereen gebeurt dit echter niet.
Yonah laat een duif vrij om haar ogen te zijn op zoek naar groen en besluit dan dat zij niet verborgen kan blijven. Wanneer de broers aan dek komen, verstopt zij zich niet en "laat zich vinden". De broers gaan door het lint en hun vrouwen doen het nog een dunnetjes over. Zij eisen dat Yonah overboord gezet wordt.
Wanneer Jafeth Yonah wil redden uit de handen van zijn broer, komt Noach tussenbeide en herhaalt de scène uit de eerste akte met Kaïn en Abel zich. Maar: niet helemaal. Net wanneer Jafeth zijn broer Cham neer wil slaan, springt Yonah ertussen. Jafeth komt tot bezinning en laat de keus aan Noach. Wanneer Yonah overboord gezet moet worden, gaat hij echter mee. Noach staat in tweestrijd. Vader spreekt niet meer tegen hem. Niet meer sinds het begon te regenen. En Mama Noach wijst hem erop dat HIJ nu vader is en zelf een beslissing moet nemen.
In een duet komen Noach en Vader tot de conclusie dat het The hardest part of love is letting go. Noach besluit het stel te trouwen en ze mogen aan boord blijven. Vader stuurt de duif terug met groene takken en het water zakt.
De familie gaat aan land en verdeeld zich over de wereld. Van nu af aan weten ze dat ieder voor zichzelf moet kiezen. Niemand die raad geeft. Goed of kwaad, je eigen geweten moet je leiden.